Считался подвидом нильского крокодила, пока в 2011 исследование нильских крокодилов, а также их мумий не показало, что они представлены двумя разными видами, отличающимися генетически.
Взрослые особи западноафриканского крокодила обычно достигают длины 2-3 м.
Активен и днём, и ночью. Хорошо плавает. Может погружаться под воду почти на час. На суше как правило неподвижно греется на солнце, хотя может развивать скорость до 30 км/ч.
Пустынные крокодилы исторически жили в Ниле в Нижнем Египте наряду с нильскими крокодилами. Геродот утверждал, что древнеегипетские жрецы знали о разнице между видами и отлавливали для последующего содержания именно "западноафриканцев". Он же писал, что некоторые египтяне держали крокодилов в качестве домашних питомцев, а в храме в Арсино в бассейне жила рептилия, которой поклонялись, кормили и покрывали драгоценностями. Когда крокодил умирал, его мумифицировали, помещали в саркофаг, а затем хоронили в гробнице.
В настоящее время жители Мавритании, живущие бок о бок и часто сталкивающиеся с западноафриканскими крокодилами, оберегают и защищают их. Это связано с их верой в то, что не только крокодилам необходима вода, но и самой воде нужны крокодилы. Поэтому если они исчезнут, вода тоже пропадёт.