Кстати говоря, примерно такие задачи и решаются для секвенирования генома.

На вход поступает дофига частичных сканов копий условной ДНК, а комп должен все склеить в одну цепочку. Заодно ещё сканер не всегда работает безошибочно, да и у ДНК есть две стороны (или как оно называется?).

Ах да, геном длинный, а памяти у компов мало. Суперкомпьютер стоит дорого, но можно купить много серверов и распределить задачи между ними, что намного дешевле одного большого компа. Но это требует совсем нетривиальных алгоритмов.