Диана чилила в Испании с Беном и Майей. Ей по телефону Марко рассказал, что куда-то пропавшая Эйприл предположительно приняла промицин. Майя предсказала, что Диана никогда не вернётся в Испанию. Диана решила вернуться в Сиэтл, чтобы найти Эйприл.
Шон в коме 3 месяца. Кайл вернулся к Тому и решил возобновить учебу в университете. Он принял промицин, но для него ничего не изменилось. В университете Кайл познакомился со студенткой Кейси, которая знала больше, чем говорила. По словам докторов у Шона после допроса Изабеллы выветрился весь промицин, и Кейси предложила Кайлу вколоть его Шону. От промицина Шон очнулся, а Кайл выяснил, что студентки по имени Кейси не существует.
Тесс скрывалась в убежище Кёллера и у неё обострился приступ шизофрении. Тесс сбежала от Кёллера, и Кевин, не собиравшийся приносить в жертву Тесс ради Кёллера, сбежал вместе с ней.
Несколько людей пострадали из-за галлюцинаторного страха без внешнего раздражителя. Том и Гэрити вычислили подозреваемого, который предположительно насылал галлюцинации, но оказалось, что он ввёл промицин своему сыну-аутисту Брендону. Том и Диана задержали Брендана, и Шон вылечил его от аутизма, чтобы он в дальнейшем смог научиться контролировать свою способность.
Диана решила вернуться в агентство, чтобы было проще найти Эйприл. Диана убедила Тома не пытаться связаться с людьми из будущего. Том ничего не выяснил о судьбе Аланы и, смирившись, решил про неё забыть.
Агенты перевели Изабеллу из тюрьмы в другое учреждение и выяснили, что вещество из шприца вызвало аллергию на промицин, и повторное введение промицина смертельно для Изабеллы.
Кейси отвела Кайла к внуку основателя секты белого света. Ещё 80 лет назад культ написал книгу с пророчеством о том, что некий мессия, очень похожий на Кёллера, покажет лицо Господа, все узнают это лицо, Господь улыбнется и будет среди людей, а земля с небесами станут едины. По словам Кейси шаман, который своим видением привёл мессию к просветлению, это Кайл, и именно Кайл поможет Кёллеру всё это осуществить. Оказалось, что Кейси видел только Кайл, и она рассказала, что она его новая способность.
Шон вернулся домой. Денни сказал Шону о своём намерении принять промицин. Шон сам дал шприц Денни, хоть был против.
Одри Паркер приняла промицин. Её сознание научилось покидать тело и следить за людьми. Она описывала все события в интернет-блоге. Тому и Диане поручили найти анонимуса, расхваливающего промицин в сети. Одри захотела расправиться с одним мошенником ради справедливости и пригрозила ему раскрытием. Одри умерла от передозировки морфином, но её сознание осталось бродить по миру в виде призрака. Одри уверена, что её убили. Одри могла влиять на электрические поля, пытаясь общаться с Дианой, чтобы агенты расследовали её убийство. Мошенник, которому при жизни угрожала Одри, не при чём. Сознание Одри увядало с каждой попыткой общаться с миром. Одри узнала, что её случайно убил сын её сиделки из-за драгоценностей и пожертвовала всем оставшимся временем, чтобы сообщить об этом Диане. Агенты арестовали и мошенника, и убийцу, а сознание Одри растворилось в небытие.
Хезер после закрытия центра устроилась волонтёром в центре развития детей. Шон захотел открыть свой собственный лечебный центр в здании предыдущего центра несмотря на то, что несанкционированно использовать способности незаконно. Хезер согласилась ассистировать Шону. Центр Шона не закрыли, и он вылечил отца Меган от смертельной болезни несмотря на то, что Меган запрещено получать личную выгоду от способностей.
Кейси убедила Кайла выкрасть книгу с предсказаниями, потому что уверена, что в книге написана инструкция того, как Кёллер приведёт человечество к спасению. Также, благодаря Кейси, Кайл стал свидетелем того, как Изабелла сбежала из-под ареста, и решил, что это всё судьба.
Бен с Майей приехали к Диане в Сиэтл.
Диана нашла Эйприл, которая с помощью своей способности вытягивала правду из людей и промышляла шантажом. Диана чувствовала вину по поводу того, что Эйприл укололась, но Эйприл ни о чём не сожалела, потому что начала жить в шоколаде. Диана была обеспокоена тем, что Эйприл попадёт в беду из-за своего дара. Кто-то убил Колина, напарника Эйприл, и покушался на саму Эйприл. Колина убил глава крупной корпорации, потому что Колин и Эйприл узнали о взяточничестве. В ходе расследования Том, Диана и Эйприл выяснили, что дело не во взятках, а в корпоративном убийстве. Эйприл отказалась довести расследование до конца и решила сбежать, потому что способность не изменила её натуру, но Диана убедила её вывести продажных корпоратов на чистую воду ценой свободы, но оказалось, что Вашингтон вместо ареста принял Эйприл на службу.
Кайл скрыл Изабеллу в старом загородном доме. Кайл уверен, что все заслуживают прощения, и что Изабелла поможет Кёллеру прийти к цели. Изабелла помогла Кайлу расшифровать закодированные части пророчества из книги. Из пророчества Кайл узнал, что 200 избранным надо принять промицин, чтобы отец открыл своё лицо и на земле наступил рай. Один из этих 200 Том.
Меган начала подозревать Кайла в пробуждении Шона с помощью промицина, но Кайл соврал Тому обо всём. Том решил втихаря проверить Кайла на промицин и узнал, что у него появилась способность.
Сенатор, который ранее вёл войну с 4400, решил примириться с Шоном, потому что эту войну сенатор проиграл. Сенатор предложил заручиться поддержкой Шона в борьбе с Кёллером и предложил Шону баллотироваться в городской совет. Для победы Шону нужно публично объявить Кёллера врагом. Кайл разозлился на Шона из-за такого предательства Кёллера.
Диана решила остаться на службе, а Бен уехал по своим делам, их отношения стали в подвешенном состоянии.
Том вызвал Кайла на серьёзный разговор, но Кейси убедила Кайла вместе с Изабеллой сбежать к Кёллеру. Кайл отдал Кёллеру книгу с пророчеством. Изабелла убедила Кёллера, что она изменилась и готова принести пользу его общине. Том решил найти Кайла в одиночку. Том на заправке одного маленького городка увидел машину Кайла, но все местные его выгнали. Том не отступил и выяснил, что все местные со сверхспособностями. Оказалось, что весь городок – это община Кёллера и все они приняли промицин, причём добровольно. Кёллер взял Тома в плен, потому что Том упомянут в пророчестве. Том попал под влияние дара одного члена общины, временно телепатически слился со всеми обитателями и увидел всего лишь обычных людей с обычными жизнями. Кайл убеждал Тома в том, что община Кёллера не зло, они всего лишь хотели лучшей жизни, и убеждал Тома принять промицин. Том не смог согласиться с Кёллером и Кайлом, потому что в 50% случаях промицин смертелен, и Том не верил, что иначе никто не спасётся. Тома отпустили, а община сбежала в Сиэтл.
Майя предсказала, что всех со способностями в будущем начнут увозить в концлагерь. По предсказанию Майи ответственный за будущее ужесточение политики против промициновых Габриэл Хьюит, который в настоящем глава городского совета и баллотировался в мэры. Диана рассказала Шону о видениях Майи. Габриэл в личном разговоре с Шоном не отрицал свою враждебность к промициновым, и Шон заявил Габриэлу, что не позволит ему прийти к власти.
У Кёртиса способность разгадывать исторические и конспирологические тайны. Эта способность проявлялась в виде вдохновения к написанию сценариев, по которым Кёртис снимал малобюджетные кринжфильмы. Последняя работа Кёртиса фильм «Меченые», в котором он рассказал об элитных агентах из будущего, которые против предотвращения катастрофы и которые вселились в тела видных деятелей настоящего времени. Единственное доказательство вселения в тело – это крестовидная отметина за ухом. Один из этих агентов Мэтью, целью которого было руководить абсолютным оружием меченых – Изабеллой, и Мэтью обратили уже после того, как он начал поддерживать Кёллера и его центр. Среди числа меченых Кёртис назвал президента крупной компании Дрю. Том с Дианой навестили Дрю и увидели у него родинку именно на том месте, где должна быть метка агента, но все вместе они похихикали над этим конспирологическим бредом. Кёртис хотел дописать сценарий, чтобы узнать всё о меченых. Единственное, что ему пока известно, это то, что агенты собрались все вместе лишь 1 раз в 2005 году, что они отрезаны от будущего, не могут с ним контактировать, не могут вернуться и не имеют способностей. Кёртис опасался за свою жизнь, потому что был уверен, что за ним придут противники 4400. Кёртиса действительно похитили, но позже он сам пришёл в агентство и стал отрицать все заговоры и существование меченых. Диана решила вычислить всех агентов, но у неё ничего не получилось. Дрю сам намекнул на свою причастность к агентам, но у Тома и Дианы нет никаких доказательств.
Тома принудительно временно изолировали из-за встречи с общиной. Во время обследования тому что-то ввели шприцом, у него появилась отметина за ухом, но ничего не изменилось. Как оказалось, Тома действительно сделали агентом, но с эффектом отложенного действия.
Кайл отправил Шону копию книги с предсказаниями и попросил о встрече. Шон отказался присоединиться к Кёллеру, потому что его задача остановить Габриэля. У Габриэля внезапно случился инсульт, и он вышел из предвыборной гонки. Кёллер отрицал свою причастность, но Шон ему не поверил. Шон вылечил Габриэля и попросил его измениться.
Майя предсказала скорое масштабное действие Кёллера. Марко вычислил возможное местонахождение общины Кёллера, но он установил по периметру общины ультразвуковые препятствия для всех непрошенных гостей. Кёллер публично заявил о намерении очистить окружающую среду и объявил Южный Сиэтл городом обетованным, при этом Кёллер угрожал стихийными бедствиями, если ему попытаются помешать. Кайл рассказал Тому всё о пророчестве, но Том был против смертей из-за промицина и назвал это геноцидом. Правительство решило отправить отряд суперсолдат в общину, и Майя предсказала, что после убийства Кёллера произойдет что-то ужасное, а именно всеобъемлющая темнота, поэтому Диана должна спасти Кёллера. Майя сама пришла к Кёллеру, чтобы решить, хороший он человек или плохой. Одна из общины очистила реку от отходов, Майя поверила в то, что Кёллер хороший, и предупредила его о солдатах. Том и Диана стали свидетелями того, как Кёллер лишил способностей всех солдат из отряда и отпустил. Майя предсказала Кёллеру, что если будет война, то проиграют все, но Майя намеренно соврала, потому что у неё не было такого видения. Кёллер расширил границы своей общины в два раза.
Диана заметила повышенное внимание Меган к Тому.
Шона решили дискредитировать с помощью подставной любовницы и обвинений в связи с Кёллером. Шон был намерен продолжать предвыборную кампанию несмотря ни на что.
Кто-то проник в агентство и здание запечаталось из-за внештатной ситуации. В агентство кто-то перенёс Меган, Тома, Диану, Марко, двух аналитиков агентства, Кёллера, Кайла, Шона, Изабеллу и Майю, в то время как они просто спали в своих постелях. Агенты уверены, что Кёллер напал на агентство, а Кёллер уверен, что агенты их похитили. Шон предположил, что замешана третья сторона. Как оказалось, аналитик PJ принял промицин и научился создавать коллективные воображаемые миры в подсознании. Чтобы выбраться им всем нужно сотрудничать. Пройдя множество препятствий и действуя сообща всем удалось выбраться из симуляции. Хоть PJ и арестовали, он уверен, что его игра была не зря. Диана решила наладить дружеские отношения с Марко.
Меган обеспокоена тем, что власти проигрывали борьбу с промицином. Том и Меган сблизились и стали парой.
Тесс досаждала обычным людям своей сверхспособностью и Кевин попросил Шона о помощи. Шон чувствовал себя обязанным Кевину и верил, что Кевин поможет снизить смертельный риск промицина. Шон вылечил Тесс от шизофрении. Кевин с Тесс примкнули к Шону. Кевин сказал, что предположительно нашёл способ определять смертелен ли промицин для конкретного человека.
Ричард пришёл в общину, чтобы извиниться перед Изабеллой и наладить с ней отношения. Кёллер хотел завербовать Ричарда, но, как оказалось, цель Ричарда была похитить Изабеллу из общины. Ричард насильно омолодил Изабеллу до возраста трёхлетки, чтобы начать с ней жизнь заново. Кёллер сдал Ричарда Тому по нескольким причинам – ради сотрудничества с Томом, потому что Ричард предал доверие и потому что Изабелла бесполезна для общины.
В Томе начало пробуждаться сознание меченого. Пока что он видел чужие воспоминания о том, как агенты в будущем саботировали эксперимент с 4400. Во флешбеке агенты искусственно оплодотворили Лили семенем Ричарда и выбрали Лили для этой цели специально, потому что у Ричарда были отношения с бабушкой Лили. По плану агентов Ричарду и Лили суждено было найти друг друга после возвращения. Ребекка, глава ЦРУ, сама пришла к Тому, намекнула на то, что она тоже меченая и посоветовала Тому просто поддаться. Том успел признаться Диане во всём, прежде чем сознание меченого завладело телом Тома, и это именно тот агент, который до этого владел телом Мэтью. Ребекка сказала, что его задание по-прежнему найти Изабеллу.
Кайл решил освободить Изабеллу из плена Ричарда и попросил одного члена общины наслать на Ричарда правдоподобную галлюцинацию Лили. Под влиянием галлюцинации Ричард раскаялся и вернул Изабелле её возраст. Кейси настояла на том, чтобы Кайл сдал Изабеллу Тому. Меченый Том арестовал Ричарда, но скрыл Изабеллу и сам взял её в плен. Меченый Том приказал Изабелле вернуть свои способности, а потом привести к нему Кёллера.
Кёллер хотел, чтобы все люди приняли промицин и назвал это жертвой поколения. По теории Кевина принятие телом промицина зависело от размера мозолистого тела. Шон публично заявил о исследованиях промицина и предотвращении смертей от него. Также Кейси сказала Кайлу остановить Шона и все исследования промицина.
Кто-то неизвестный запустил в сеть вирус, который уничтожал все компьютеры. Марко выяснил, что эти атаки связаны с Дрю, потому что в вирусе было послание бороться с компанией Дрю Ubient Software. Сам Дрю в атаке обвинял Кёллера, но Кёллер отрицал свою причастность. Как оказалось, Уоррен, создатель программного обеспечения, на котором Дрю сколотил своё состояние, потерял всё, принял промицин и стал компьютерным призраком. Уоррен хотел отомстить Дрю, потому что в прошлом Дрю финансово обманул Уоррена. Меченый Том убил Уоррена, чтобы прекратить атаки на компанию Дрю, иначе агенты лишились бы финансов. Марко выяснил, что именно Том убил Уоррена, а Меган и Диана догадались, что Том меченый, но решили вести себя как ни в чём не бывало. Напоследок Уоррен обнародовал всю информацию о Дрю и его компании. Меченые решили перенести агента из тела Дрю в тело Кёллера.
Кёллер склонял одного из списка 200 избранных принять промицин, но тот отказался. Кейси сказала Кайлу избавиться от Кевина, потому что он мешал своим тестом на совместимость. Кайл нашёл Кевина и похитил вместе с бумагами. Кёллер пытался завербовать Кевина как отца-основателя промицинового движения, хоть и был против теста Кевина. Шон обвинил Кёллера в похищении. Кёллер согласился отпустить Кевина в обмен на публичную поддержку промицина. Шон решил вытащить Кевина из общины с помощью Тесс.
Меченый Том угрожал жизни Ричарда, мотивируя Изабеллу принять промицин, чтобы уничтожить 4400 и всех, у кого есть следы промицина. Изабелла догадалась что Том – это не Том. Меченый Том признался, что именно он создал Изабеллу. Изабелла разоткровенничалась, что без способностей и без другой личности ей было приятно быть нормальной. Меченый Том провёл процедуру избавления Изабеллы от аллергенов и ввёл ей промицин. Меченый Том предупредил Изабеллу, что запрограммировал её на смерть в случае неподчинения. Изабелла вернулась в общину.
Линдси позвала Майю в общину и привела к её родителям, созданным с помощью сверхспособности. Майя стала приходить в общину и навещать родителей.
Диана и Меган решили найти способ извлечь меченого из тела Тома. Кёртис уехал в Канаду и продолжал снимать фильмы. Диана и Меган его навестили. Кёртис отрицал существование меченых, но сказал, что вселение личности происходило путем введения в спинной мозг некого раствора с мини-машинами. Марко предположил, что это наниты. Марко сказал, что единственный способ разрушить наниты – это мощное облучение радиацией. Ребекка сказала Тому, что Майя потенциальная угроза из-за видений. Том попытался настроить Майю против Дианы, подсыпал ей снотворное и ввёл ингибитор. Меченый Том навестил Кёртиса, узнал от него о подозрениях Дианы и Меган, убил Кёртиса и выкрал какие-то бумаги. Диана призналась Тому, что подозревает его, но он вырубил её и сбежал. Диана и Меган выманили Тома, но он попытался сбежать, Диана смертельно ранила Тома из пистолета.
Шон собрал группу захвата и высвободил Кевина.
Дэнни пришёл в центр с целью пройти тест Кевина на совместимость с промицином. Кевин сказал, что Денни выживет. Денни принял промицин и невольно навредил матери.
Изабелла привела Кёллера к Тому и Ребекке. Меченые ввели Кёллеру наниты. Том решил сделать Кёллера предателем, по его плану Кёллер избавит мир от промицина и уничтожит движение, которое сам создал. По плану Кейси общину должен возглавить Кайл, и она специально отдала Кёллера Тому.
Тому ввели полоний и вылечили. Мать Шона и Денни увезли на скорой, у неё отравление промицином. Денни невольно начал отравлять промицином окружающих, в больнице объявили карантин, десятки погибших. Денни пришёл к Шону и во всём признался. Шон ввёл Денни ингибитор и решил сдать его агентству. Денни решил пожертвовать собой, чтобы больше никого не заражать.
Кайл публично отрицал причастность общины к отравлениям промицином, и сказал, что насильственное принятие промицина не было целью Кёллера. Кайл предложил помощь по наведению порядка в Сиэтле. Заражение промицином распространялось как вирус и захватило весь город, армия окружила Сиэтл. Меган попросила общину восстановить порядок в Сиэтле.
Изабелла сказала Кёллеру, что она хотела измениться и пыталась сопротивляться, но должна осуществить план меченых. Она хотела самостоятельно освободить Ричарда, но меченые управляли ей с помощью некого вживлённого выключателя. Ребекка приказала Изабелле убить Кайла, Изабелла попыталась убить Кайла, но вовремя остановилась.
У Дианы иммунитет к промицину из-за ранних экспериментов Кевина. Кевин рассказал Диане о возможном противоядии. Власти распространили убихинон как средство, которое предотвратит смерть и не даст приобрести способность.
Том пришёл к Ребекке разведать обстановку. Том освободил Кёллера, потому что он нужен городу, но их схватила Ребекка. Изабелла, жертвуя собой, освободила Тома и Кёллера. Том поручил Кёллеру избавиться от меченности и избавить от неё остальных 7 агентов.
В Сиэтле погибло минимум 9000 человек, но на каждого погибшего был человек со сверхспособностью. Со сверхспособностью оказались многие люди и из агентства, поэтому грань между промициновыми и непромициновыми стёрлась. Община навела порядок в Сиэтле и Кёллер объявил новый век. Он объявил мэрию Сиэтла новым центром движения. Диана опасалась, что Кёллер станет диктатором, но Майя настроена оптимистично. Кайл предложил Тому промицин, потому что так написано в пророчестве.
